Tuy Trịnh Xuân đã chết nhưng đám loạn quân của ông ta vẫn đánh phá khắp thành Thăng Long. Trịnh Tráng phải đưa vua Lê về Thanh Hoa, đóng ở An Trường, có Trịnh Đỗ cũng đem quân bản doanh đi theo. Trịnh Tráng sai Nguyễn Danh Thế hòa giải hiềm nghi với Trịnh Đỗ để quan hệ 2 bên lại hòa hiếu như cũ. Nhà vua phong cho Trịnh Tráng làm Đô tướng tiết chế thủy bộ chư quân bình chương quân quốc trọng sự, Thái úy Thanh quốc công[3]

Mùa thu năm đó, Mạc Kính Khoan nhân triều Lê có loạn, đem quân xuống Gia Lâm, lực lượng lên đến hơn vạn người. Ngày 28 tháng 8, Lê Thần Tông trao quyền cho Trịnh Tráng cầm quân đánh họ Mạc. Ông thống lĩnh quân thủy bộ, cùng Nguyễn Danh Thế, Đặng Thế Tài đánh về Gia Lâm. Quân Mạc thiệt hại nặng nề và phải lui về Cao Bằng. Trịnh Tráng bèn sai Lê Bật Tứ và Bùi Sĩ Lâm vào Thanh Hoa rước xa giá về kinh[3].

Tháng 11 ÂL, Trịnh Tráng tự tiến phong làm Nguyên soái tổng quốc chính, Thanh Đô vương. Mùa hạ tháng 5 ÂL năm 1625, ông hạ lệnh cho con trưởng là Trịnh Kiều lĩnh quân đánh họ Mạc ở Cao Bằng, bắt được vua Càn Thống Mạc Kính Cung và đồ đảng đưa về kinh sư giết đi. Mạc Kính Khoan cũng bị thua trận, dâng biểu xin hàng và được phong Thái úy Thông quốc công, hằng năm nộp cống, con cháu được ở đất Cao Bằng[1][3].